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구례 약국 부가세 세무사, 공통매입세액을 과세 비율대로 나누세요

약국 조제는 부가세가 면제되지만 일반의약품, 의약외품, 건강기능식품 판매는 과세됩니다. 과세와 면세가 섞인 겸영 사업자라 1월과 7월 부가세 신고에서 매입세액을 나누는 계산이 핵심입니다. 이 페이지에서는 조제 면세와 일반의약품 과세 매출의 부가세를 구례 약국 사례로 계산해 정리했습니다.

나승리 대표세무사작성·검토 나승리 대표세무사 · 2026년 10월 기준
핵심 요약
  • 과세 매출 공급가액 1억 3,400만원이면 매출세액 1,340만원에서 매입세액과 카드 공제를 빼고 1년에 155만원을 냅니다(가상 사례).
  • 개인 약국은 1기분을 7월 25일, 2기분을 다음 해 1월 25일까지 확정신고합니다. 4월과 10월에는 직전 기간 세액의 절반이 예정고지되고, 50만원 미만이면 고지하지 않습니다.
  • 부가세 확정신고 때 면세 조제 수입까지 함께 신고하면 사업장현황신고를 따로 하지 않아도 됩니다.
  • 구례 약국도 방문 없이 전화·화상 상담과 비대면 기장으로 맡기실 수 있습니다.

구례 약국 부가세, 이것부터 챙기세요

조제와 일반의약품 판매를 함께 하는 약국은 1월과 7월에 부가세를 신고하면서 면세 조제 수입도 함께 신고하고, 5월에 종합소득세를 신고합니다.

  • 약사가 처방전에 따라 조제하는 의약품은 면세이고, 일반의약품, 의약외품, 건강기능식품, 화장품 판매는 과세됩니다.
시·도
전남광주통합특별시(옛 전라남도 지역)
개설 등록
약사·한약사가 관할 시장·군수·구청장(보건소)에 등록
고용세액공제 지역 구분
수도권 밖 (청년 등 1인당 1년차 1,000만원, 그 밖의 인원 700만원)
함께 보면 좋은 지역
남원, 곡성, 하동, 광양
상담 방식
전화·화상 상담과 비대면 기장 (방문 없이 진행)

계산 사례: 조제와 판매를 함께 하는 약국의 부가세

구례에서 조제와 일반의약품 판매를 함께 하는 약국입니다. 1년 조제 수입은 5억 1,700만원, 과세 매출 공급가액은 1억 3,400만원입니다. 판매용 의약품의 매입세액은 898만원, 임차료·관리비처럼 함께 쓴 매입의 부가세는 540만원입니다.

표를 옆으로 밀면 다른 경우도 볼 수 있습니다.

항목1년반기(1기 또는 2기)
과세 매출 공급가액1억 3,400만원6,700만원
매출세액 (10%)1,340만원670만원
판매용 의약품 매입세액-898만원-449만원
공통 매입세액 중 과세 비율 20.6%-111만원-56만원
신용카드 발행세액공제 (1.3%)-176만원-88만원
내야 할 부가세155만원77만원

만원 단위 반올림. 이해를 돕기 위한 가상 사례입니다. 공통 매입세액(임차료·관리비·인테리어 등의 부가세)은 그 과세기간의 과세·면세 공급가액 비율로 나눴고, 과세 매출의 92%를 카드·현금영수증으로 받았다고 보았습니다. 반기 금액은 1년의 절반으로 단순화했습니다. 실제로는 1월~6월, 7월~12월 실적으로 따로 계산합니다.

과세 매출의 매출세액 1,340만원에서 판매용 매입세액과 공통 매입세액 중 과세 비율(20.6%)만큼인 111만원을 빼고, 신용카드 발행세액공제 176만원까지 빼면 1년에 155만원을 냅니다.

조제에 쓰려고 산 의약품의 부가세(이 사례에서 약 3,619만원)와 공통 매입세액의 나머지 429만원은 면세 조제 몫이라 돌려받지 못하고 매입원가나 자산 가액이 됩니다. 도매상 세금계산서 가운데 판매용 일반의약품 매입을 따로 모아 두어야 그 매입세액을 모두 공제받을 수 있습니다.

POS 품목 구분을 먼저 맞추세요

일반의약품과 의약외품, 건강기능식품은 과세이고 처방 조제는 면세입니다. POS와 청구 프로그램의 품목 구분이 틀리면 과세 매출이 면세로 잡혀 나중에 부가세와 가산세를 함께 냅니다.

부가세 신고 전에 할 일

  1. 매출 구분: 청구 프로그램의 조제 수입과 POS의 과세 판매 매출을 매달 나눠 합계를 냅니다.
  2. 카드 매출: 과세 매출 가운데 카드·현금영수증 결제액을 따로 집계해 발행세액공제에 씁니다.
  3. 예정고지: 4월과 10월에는 직전 기간 세액의 절반이 고지되고, 50만원 미만이면 고지하지 않습니다.
  4. 확정신고: 1기분은 7월 25일, 2기분은 다음 해 1월 25일까지 신고하고, 면세 조제 수입도 함께 적습니다.
  5. 5월 연결: 부가세 신고의 과세 매출과 면세 수입을 합친 금액이 5월 종합소득세 수입금액과 맞는지 확인합니다.

부가세 관련해 자주 놓치는 것

  • 약사업은 면세 수입금액을 적게 신고하면 빠뜨린 금액의 0.5%가 가산세입니다. 부가세 신고 때 조제 수입도 청구 프로그램 합계와 맞춰 적으세요.
  • 생리대처럼 법으로 면세로 정한 품목은 조제가 아니어도 면세입니다. 품목별 과세 구분을 POS에 맞게 설정해 두세요.
  • 청구 프로그램과 판매 POS의 매출을 과세와 면세로 나눠 매달 맞춰 두세요. 한 금액으로 섞이면 과세 매출을 따로 증명하기 어렵습니다.
  • 약사님 본인 급여는 경비가 아닙니다. 개인 약국 약사님 몫은 수입에서 경비를 뺀 사업소득으로 과세됩니다.

구례 약국 약사님 상담 방법

구례 약국은 방문 없이 비대면으로 기장과 신고를 맡기실 수 있습니다. 상담은 전화·화상으로 하고, 카드·현금영수증·세금계산서 자료는 홈택스 수임 동의로, 급여 내역과 공단 지급 내역은 메일이나 카카오톡으로 받습니다. 청구 프로그램 조제 수입 합계, POS 과세 매출 자료, 도매상 매입 세금계산서를 보내 주시면 첫 상담에서 바로 점검해 드립니다. 첫 상담은 무료입니다.

구례의 다른 약국 세무 사례는 구례 약국 세무에, 다른 지역의 부가세 사례는 약국 부가세 안내에 모아 두었습니다.

함께 보면 좋은 안내

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자주 묻는 질문

약국 조제에도 부가세가 붙나요?

아닙니다. 약사가 처방전에 따라 조제하는 의약품은 면세입니다. 처방 없이 파는 일반의약품과 의약외품, 건강기능식품, 화장품은 과세됩니다.

공통 매입세액은 어떻게 나누나요?

조제와 판매에 함께 쓴 임차료, 관리비, 인테리어의 부가세는 그 과세기간의 과세 공급가액 비율만큼만 매입세액으로 공제합니다. 나머지는 경비나 자산 가액이 됩니다.

약국도 사업장현황신고를 하나요?

부가세 확정신고 때 면세 조제 수입까지 함께 적어 냈다면 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다. 신고 내용과 실제 수입이 맞는지는 5월 전에 다시 확인합니다.

조제용 의약품을 살 때 낸 부가세는 돌려받나요?

돌려받지 못합니다. 면세 조제에 쓰는 매입이라 매입세액이 공제되지 않고, 부가세를 포함한 금액이 매입원가가 됩니다. 판매용 일반의약품 매입세액만 공제받습니다.

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같은 부가세라도 지역과 약국 규모에 따라 자주 받는 질문이 다릅니다.

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약국 매출 구성(조제·일반약)과 직원 구성, 지난해 신고 방법만 알려 주시면 놓치고 있는 신고와 줄일 수 있는 세금을 먼저 정리해 드립니다. 첫 상담은 무료입니다.

나승리 세무사
작성 · 검토
나승리 세무사 위너세무회계 대표세무사

약사님 약국의 기장과 부가세, 종합소득세 신고를 함께 관리하고 있습니다. 법령과 요율은 2026년 10월 기준이며 최종 검토일은 2026.10.21입니다.

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