- 약사가 처방전에 따라 조제하는 의약품은 면세이고, 일반의약품·의약외품·건강기능식품 판매는 과세됩니다.
- 조제용 의약품 매입의 부가세는 공제받지 못하고, 판매용 매입세액은 공제받습니다.
- 개인 약국은 7월 25일과 다음 해 1월 25일에 확정신고하고, 면세 조제 수입도 함께 신고합니다.
- 함께 쓴 매입의 부가세는 과세 공급가액 비율만큼만 공제합니다.
약국 매출 중 부가세가 붙는 것
약사가 처방전에 따라 의약품을 조제하는 용역은 부가세가 면제됩니다. 반면 처방 없이 파는 일반의약품과 의약외품, 건강기능식품, 화장품은 과세됩니다. 그래서 대부분의 약국은 면세와 과세를 함께 하는 겸영 사업자입니다.
| 매출 | 부가세 | 메모 |
|---|---|---|
| 처방전에 따른 조제 (약제비·조제료) | 면세 | 공단부담금과 본인부담금 모두 |
| 일반의약품 판매 | 과세 | 처방 없이 파는 의약품 |
| 의약외품·건강기능식품·화장품 | 과세 | POS에서 과세 품목으로 설정 |
| 생리대처럼 법으로 면세로 정한 품목 | 면세 | 조제가 아니어도 면세 |
계산 예시: 과세 매출 1억 2,000만원
| 항목 | 1년 |
|---|---|
| 과세 매출 공급가액 | 1억 2,000만원 |
| 매출세액 (10%) | 1,200만원 |
| 판매용 의약품 매입세액 | -816만원 |
| 공통 매입세액 480만원 중 과세 비율 17.1% | -82만원 |
| 신용카드 발행세액공제 (1.3%) | -154만원 |
| 내야 할 부가세 | 147만원 |
만원 단위 반올림(합계가 1만원 다를 수 있음). 이해를 돕기 위한 가상 사례이며 실제 세액은 약국 상황에 따라 달라집니다. 면세 조제 수입은 5억 8,000만원, 과세 매출의 90%를 카드·현금영수증으로 받았다고 보았습니다.
조제에 쓰려고 산 의약품의 부가세(이 예시에서 약 4,060만원)는 공제받지 못하고 매입원가가 됩니다. 임차료나 관리비처럼 조제와 판매에 함께 쓴 매입의 부가세는 과세 공급가액 비율만큼만 공제합니다.
신고 일정
| 시기 | 할 일 |
|---|---|
| 4월 25일 · 10월 25일 무렵 | 예정고지 세액 납부 (직전 기간 세액의 절반, 50만원 미만은 고지 없음) |
| 7월 25일 | 1기(1~6월) 확정신고 |
| 다음 해 1월 25일 | 2기(7~12월) 확정신고, 면세 조제 수입 함께 신고 |
| 2026년 2기 예정고지 | 2026년 11월 2일(월)까지 납부 (호우 피해 등 지원 대상은 12월 28일) |
기한이 주말이나 공휴일이면 다음 평일로 넘어갑니다. 실적이 크게 줄었다면 예정고지 대신 예정신고를 선택할 수 있습니다.
겸영 약국이 챙길 것
- 도매상 세금계산서를 조제용, 판매용, 공통 매입으로 나눠 정리합니다. 판매용 매입세액은 모두, 공통 매입세액은 과세 비율만큼 공제받습니다.
- 부가세 확정신고 때 면세 조제 수입까지 함께 신고하면 사업장현황신고를 따로 하지 않아도 됩니다.
- 약사업은 면세 수입금액을 적게 신고하면 빠뜨린 금액의 0.5%가 가산세입니다. 면세업종 가운데 이 가산세가 있는 업종은 의료업·수의업·약사업뿐입니다.
- 가격표가 부가세 포함이라면 공급가액은 받은 돈의 100/110입니다.
- 과세 매출의 카드·현금영수증 결제액으로 신용카드 발행세액공제를 받습니다.
지역별 약국 부가세 사례
233개 지역의 약국 부가세 페이지마다 숫자를 달리한 계산 사례와 자주 묻는 질문을 정리했습니다. 지역 이름을 누르면 바로 볼 수 있습니다.
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약국 조제에도 부가세가 붙나요?
아닙니다. 약사가 처방전에 따라 조제하는 의약품은 면세입니다. 처방 없이 파는 일반의약품과 의약외품, 건강기능식품, 화장품은 과세됩니다.
조제용 의약품을 살 때 낸 부가세는 돌려받나요?
돌려받지 못합니다. 면세 조제에 쓰는 매입이라 매입세액이 공제되지 않고, 부가세를 포함한 금액이 매입원가가 됩니다. 판매용 일반의약품 매입세액만 공제받습니다.
약국도 사업장현황신고를 하나요?
과세 매출이 있어 부가세 확정신고를 하는 약국은 그 신고에 면세 조제 수입을 함께 적으면 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다. 면세 수입만 있는 사업장이라면 다음 해 2월 10일까지 따로 신고합니다.
일반의약품을 약값에 섞어 받으면 어떻게 되나요?
처방 조제와 함께 일반의약품을 팔았다면 일반의약품 대금은 과세 매출로 따로 잡아야 합니다. 조제비와 한 금액으로 면세 처리하면 그 부가세와 가산세를 나중에 함께 냅니다.