약국 개업 세무, 개설 등록부터 첫해 장부까지 순서대로 챙기세요

약국 개업, 이 순서로 진행합니다

약국 개업은 약사법 절차와 세무 절차가 맞물려 있습니다. 개설 등록을 마쳐야 사업자등록을 하고, 사업자등록이 있어야 도매상 거래와 카드 단말기, 요양기관 현황 신고를 마칠 수 있습니다.

1. 개설 등록: 약사 또는 한약사가 약국을 둘 곳을 관할하는 시장·군수·구청장(보건소)에 등록합니다. 약사는 약국을 하나만 열 수 있고, 법인은 약국을 개설할 수 없습니다.
2. 사업자등록: 개설 등록증과 임대차계약서로 사업을 시작한 날부터 20일 안에 세무서에 신청합니다. 약사업은 간이과세를 받을 수 없어 일반과세자로 등록합니다.
3. 요양기관 현황 신고: 건강보험심사평가원에 요양기관 현황을 신고해야 공단에 요양급여비용을 청구할 수 있습니다.
4. 도매상 거래: 거래 도매상과 결제 조건을 정하고 의약품 매입은 세금계산서와 사업용계좌·카드로 처리합니다.
5. 카드 단말기·현금영수증: 약국은 현금영수증 의무발행업종이라 개업일부터 60일 안에 가맹점에 가입합니다. POS에는 과세 품목과 면세 조제를 나눠 설정합니다.
6. 직원 채용: 4대보험 취득 신고는 국민연금·고용·산재보험은 입사한 달의 다음 달 15일까지, 건강보험은 입사일부터 14일 안에 하고, 급여 원천세는 지급한 달의 다음 달 10일까지 냅니다.
7. 사업용계좌: 약국은 개업과 동시에 복식부기의무자라 개업한 해의 다음 해 6월 30일까지 사업용계좌를 신고합니다. 신고하지 않으면 가산세가 붙습니다.

개업 비용은 이렇게 처리합니다

약국은 면세 조제와 과세 판매를 함께 하는 겸영 사업자라 인테리어·장비 매입의 부가세는 과세 매출 비율만큼만 돌려받고, 나머지는 자산 가액에 더해 여러 해에 나눠 비용으로 들어갑니다. 처음 들여온 의약품은 산 해에 모두 비용이 되지 않고 쓴 만큼 원가가 됩니다.

계산 예시: 4월에 연 약국의 첫해

4월에 문을 연 약국이 12월까지 조제·판매 수입 5억원, 매출원가와 인건비·임차료 등 경비 4억 6,000만원을 썼다고 해 보겠습니다. 인테리어 6,000만원과 조제 장비 3,600만원을 5년 정액법으로 나눈 9개월분 감가상각 1,440만원과 개업 대출 1억 2,000만원의 이자 450만원을 넣으면 세금이 이렇게 달라집니다.

표를 옆으로 밀면 나머지 칸도 볼 수 있습니다.

만원 단위 반올림(합계가 1만원 다를 수 있음). 이해를 돕기 위한 가상 사례이며 실제 세액은 약국 상황에 따라 달라집니다. 본인 인적공제 150만원과 성실사업자 표준세액공제 12만원(카드·현금영수증 가맹, 장부 신고, 사업용계좌 사용 요건)만 넣었습니다.

감가상각과 대출 이자를 넣지 않으면 첫해 세금이 311만원 더 나옵니다. 약국은 수입에 비해 소득이 작은 업종이라 첫해 경비 하나가 소득에서 차지하는 비중이 큽니다. 공사·장비 계약서와 세금계산서, 대출 약정서는 장부 담당에게 빠짐없이 넘겨 주세요.

개업 때 놓치기 쉬운 것

• 사업자등록 전에 쓴 비용은 대표자 주민등록번호로 세금계산서를 받아 두어야 사업자등록 뒤 장부에 넣기 쉽습니다.
• 2026년 11월 27일부터는 약사·한약사가 어떤 명목으로도 둘 이상의 약국을 개설하거나 운영할 수 없습니다.
• 2026년 10월 1일 국회를 통과한 약사법 개정안(공포 6개월 뒤 시행)에 따라 개설 등록이나 지위승계 신고 때 보건복지부령으로 정하는 자료(임대차계약서·자금 출처 자료 등이 거론됨)를 요구받을 수 있고, 내지 않으면 신청이 반려될 수 있습니다.
• 자동조제기를 리스로 들였다면 운용리스인지 금융리스인지에 따라 비용 처리 방법이 다릅니다.
• 개업 첫해에는 종합소득세 중간예납이 없고, 다음 해 11월부터 지난해 세액을 기준으로 고지됩니다.

지역별 약국 개업 사례

233개 지역의 약국 개업 페이지마다 숫자를 달리한 계산 사례와 자주 묻는 질문을 정리했습니다. 지역 이름을 누르면 바로 볼 수 있습니다.

자주 묻는 질문